Une étude publiée dans la revue Science le 1er décembre 2022 par un groupe de chercheurs a démontré que les ancêtres d’Omicron existaient sur le continent africain bien avant que des cas ne soient identifiés. Ce qui suggère qu’Omicron a émergé progressivement sur plusieurs mois dans différents pays d’Afrique avant sa découverte. Présent dans 128 pays, Omicron domine avec un risque global de contamination très élevé selon l’Organisation mondiale de la Santé (OMS).
Depuis l’arrivée d’Omicron, plus de 80 millions de cas de COVID-19 ont été recensés dans le monde. Des chercheurs dont ceux de l’Institut de la fièvre hémorragique virale (LFHB) au Bénin ont découvert que le prédécesseur d’Omicron était présent sur le continent africain bien avant que des cas ne soient confirmés. Le variant Omicron a émergé progressivement sur plusieurs mois dans différents pays africains. Les chercheurs ont observé le plus grand bond jamais observé dans l’évolution du SRAS-CoV-2 en 2021, découvrant des variantes qui diffèrent du génome viral d’origine par plus de 50 mutations.
Une variante appelée Omicron BA.1 a été découverte pour la première fois chez un patient sud-africain à la mi-novembre 2021 et s’est propagée dans 87 pays du monde en quelques semaines. Fin décembre de la même année, il avait remplacé le modèle Delta, qui dominait le monde jusque-là. Au Mali, l’équipe du professeur Koita a souligné la présence d’Omicron en août 2021, deux mois avant que l’équipe sud-africaine n’identifie Omicron. Depuis lors, les rumeurs sur l’origine de ce mutant hautement contagieux se sont concentrées sur deux théories principales : avant que le coronavirus ne passe de l’Homme à l’animal et ne réinfecte l’Homme comme Omicron, soit il a évolué, soit le virus a survécu plus longtemps chez l’Homme.
Une nouvelle analyse d’échantillons de COVID-19 collectés en Afrique avant la découverte d’Omicron jette un doute sur ces deux hypothèses. Les chercheurs ont trouvé après un prélèvement d’échantillon au Bénin entre le 22 août et le 27 octobre 2021, ainsi que trois échantillons prélevés au Nigeria des traces d’ascendance Omicron, ont identifié. Omicron a été identifié pour la première fois au Botswana et en Afrique du Sud en novembre de la même année, et après une augmentation exponentielle des infections en Afrique du Sud, des schémas similaires sont apparus dans d’autres parties du pays. L’étude contredit la théorie selon laquelle omicron est apparu en Afrique du Sud après une infection prolongée au coronavirus chez des personnes immunodéprimées, éventuellement infectées par le VIH, un virus immunodépresseur courant dans la partie sud du continent africain. Les scientifiques ont commencé à développer un test PCR dédié pour détecter spécifiquement la variante Omicron BA.1. Ils ont ensuite analysé plus de 13 000 échantillons respiratoires de patients atteints de COVID-19 prélevés dans 22 pays africains de mi-2021 à début 2022.
L’équipe de recherche a trouvé le virus avec des mutations spécifiques à Omicron chez 25 personnes de six pays différents qui ont contracté le COVID-19 en août et septembre 2021. C’était deux mois avant que la variante ne soit détectée pour la première fois en Afrique du Sud. L’analyse a été réalisée par une équipe internationale de chercheurs comprenant des chercheurs éminents tels que le professeur Ousmane Koita du Laboratoire de biologie moléculaire appliquée (LBMA), le professeur Jan Felix Drexler, scientifique à l’Institut de virologie de la Charité. Étude allemande sur les infections (DZIF) sans oublier ceux de l’Université de Stellenbosch en Afrique du Sud et de l’Institut de la fièvre hémorragique virale (LFHB).
Les analyses phylogéographiques confirment l’origine de BA. 1 en Afrique de l’ouest avant sa propagation en Afrique australe. Pour en apprendre davantage sur les origines d’Omicron, les chercheurs ont également décodé ou « séquencé » le génome viral de quelques 670 échantillons. Ce séquençage a permis de détecter de nouvelles mutations et d’identifier de nouvelles lignées virales. L’équipe a découvert plusieurs virus qui présentaient divers degrés de similitude avec Omicron, mais ils n’étaient pas identiques. « Nos données montrent qu’Omicron avait des ancêtres différents qui interagissaient entre eux et circulaient en Afrique, parfois simultanément, pendant des mois », explique le Professeur Drexler.
« Cela donne à penser que la variante BA.1 d’Omicron a évolué graduellement, au cours de laquelle le virus s’est de plus en plus adapté à l’immunité humaine existante », complète professeur Koïta. De plus, les données de la PCR ont amené les chercheurs à conclure que même si Omicron n’était pas originaire uniquement d’Afrique du Sud, il y dominait d’abord les taux d’infection avant de se propager du sud au nord à travers le continent africain en quelques semaines seulement. « Cela signifie que la montée soudaine d’Omicron ne peut être attribuée à un saut du règne animal ou à l’émergence d’une seule personne immunodéprimée, bien que ces deux scénarios aient peut-être également joué un rôle dans l’évolution du virus », déclare le Professeur Drexler.
Les recommandations de l’OMS L’OMS recommande aux pays d’adopter une approche scientifique s’appuyant sur l’évaluation des risques, d’opter pour la transparence par un partage des données, ainsi que d’intensifier la surveillance et le séquençage des cas afin d’avoir une meilleure connaissance des variants en circulation. L’Organisation exhorte les pays à poursuivre la stratégie de vaccination, principalement des groupes hautement prioritaires, de manière réfléchie et proportionnelle aux risques. En effet, la vaccination reste essentielle pour réduire les risques de complications, de transmission et de mutation du virus. La priorité doit être aussi donnée à la réduction des perturbations des systèmes de santé, qui risquent d’être submergés avec la vague Omicron, et des services essentiels, selon l’OMS. Pour y parvenir, les pays doivent entre autres lutter contre l’iniquité vaccinale, surveiller le virus et ses variants et prendre des mesures de restrictions adaptées.
Megan Valère SOSSOU
